Здравствуйте. Заявление на отпуск можете не переписывать, он будет продлен с учетом сдачи вами больничного листа. Выплаты должны производиться не позднее, чем за три дня до ухода работника в отпуск. Об этом говорится в ст.136 ТК РФ:

"При выплате заработной платы работодатель обязан извещать в письменной форме каждого работника:
1) о составных частях заработной платы, причитающейся ему за соответствующий период;
2) о размерах иных сумм, начисленных работнику, в том числе денежной компенсации за нарушение работодателем установленного срока соответственно выплаты заработной платы, оплаты отпуска, выплат при увольнении и (или) других выплат, причитающихся работнику;
3) о размерах и об основаниях произведенных удержаний;
4) об общей денежной сумме, подлежащей выплате".