В соответствии с Приказом МВД РФ от 24 ноября 2008 г. N 1001 "О порядке регистрации транспортных средств" (с изменениями и дополнениями,выдача паспортов транспортных средств взамен утраченных или непригодных для пользования при постановке на учет транспортных средств после снятия их с регистрационного учета в связи с изменением места регистрации их собственников, прекращением права собственности на транспортные средства (при регистрации такого транспортного средства за другим лицом), осуществляется по месту регистрации транспортного средства после получения подтверждений регистрационных данных с прежнего места регистрации (п. 32). Таким образом, их требование обосновано нормой права.
В связи с этим, рекомендую вам обратится в ГАИ того региона, где оно было зарегистрировано и получить дубликат ПТС. По этому же положению все регистрационные действия совершаются новым собственником. Поэтому отказать вам в выдаче дубликата ПТС они не имеют права.
Дополнительно отмечу, что вы обязаны зарегистрировать транспортное средство в течение 10 суток с даты заключения договора купли-продажи.