Чтобы ответить на ваш вопрос необходимо ознакомиться с договором между учеником и образовательным учреждением, так как согласно ст.421 ГК РФ Граждане и юридические лица свободны в заключении договора и нужен устав учебного заведения.
Если вы не согласны с системой штрафов и при отсутствия в договоре и в уставе соответствующего положения можете обратииться в прокуратуру или в суд.

Штрафы устанавливаются законом /КОАП РФ, НК РФ и т.д/ или договором /гк РФ/
Имеетсяли у вас договор с учебным учреждением и предусмотрены ли в нем штрафы - штрафы написанные на стене не считаются